Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga memiliki 8 fakultas, yaitu:
- Fakultas Adab dan Ilmu Budaya
- Program Studi Bahasa dan Sastra Arab
- Program Studi Sejarah Kebudayaan Islam
- Program Studi Ilmu Perpustakaan
- Program Studi Bahasa Inggris
- Fakultas Dakwah
- Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Broadcasting
- jurnalistik
- Program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Islam
- Konseling Islam pada Keluarga dan Masyarakat
- Konseling Islam pada Sekolah/Madrasah
- Program Studi Pengembangan Masyarakat Islam
- Program Studi Manajemen Dakwah
- Manajemen Sumber Daya Manusia
- Manajemen Lembaga Keuangan Islam
- Program Studi Komunikasi dan Penyiaran Islam
- Fakultas Syari'ah dan Hukum
- Program Studi Al-Ahwal al-Syakhsyiyyah
- Program Studi Perbandingan Madzhab dan Hukum
- Program Studi Jinayah Siyasah
- Program Studi Muamalat
- Program Studi Keuangan Islam
- Program Studi Ilmu Hukum
- Fakultas Tarbiyah dan Keguruan
- Program Studi Pendidikan Agama Islam
- Program Studi Pendidikan Bahasa Arab
- Program Studi Kependidikan Islam
- Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah
- Fakultas Ushuluddin
- Program Studi Aqidah dan Filsafat
- Program Studi Perbandingan Agama
- Program Studi Tafsir dan Hadis
- Program Studi Sosiologi Agama
- Fakultas Sains dan Teknologi
- Program Studi Matematika
- Program Studi Fisika
- Elektronika dan Instrumentasi
- Fisika Matrial
- Atom dan Inti
- Astrofisika
- Geofisika
- Program Studi Kimia
- Program Studi Biologi
- Program Studi Teknik Informatika
- Program Studi Teknik Industri
- Program Studi Pendidikan Matematika
- Program Studi Pendidikan Kimia
- Program Studi Pendidikan Biologi
- Program Studi Pendidikan Fisika
- Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora
- Program Studi Psikologi
- Program Studi Sosiologi
- Program Studi Ilmu Komunikasi
- Public Relations
- Advertising
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (Central Of Excellent Faculty)
- Program Studi Ekonomi Syari'ah
- Program Studi Perbankan Syari'ah
- Program Studi Akuntansi Syariah
